As duas formas – por cento e porcento – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Por cento é uma locução que é usada depois do numeral e indica a proporção calculada em relação a uma grandeza de cem unidades (símbolo: %) – tem a estrutura de “x” por cento de (..)

Dou-te um por cento da companhia.
Vinte por cento dos alunos chumbou.
Concordo 100 por cento com você!

x % = x por cento

Porcento é um substantivo que significa importância recebida proporcional à venda; taxa ou quantidade, que determina esse valor; percentagem; comissão.

Nestas condições, o porcento absorvido é irrelevante.
Deixo-te ficar com parte o meu porcento.

É uma palavra pouco usada; utiliza-se habitualmente o sinônimo “percentagem”.


Referências

Porcento advém da construção por + cento.