As duas formas – preeminente e proeminente – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações apesar de haver possíveis “contextos de similaridade”.

Preeminente significa que ocupa o lugar mais elevado; sublime, superior, honorífico, nobre.

Este grupo social ocupara uma posição preeminente na sociedade.
Deve ser atribuído à agência um papel mais preeminente em todo o processo de avaliação.

Proeminente significa que sobressai; saliente; elevado; que se eleva acima do que está em volta.

Corcunda, de nariz comprido e barriga proeminente.
A sua posição proeminente proporciona à aldeia uma vista grandiosa sobre o vale.

Na prática?
Em termos de sentido a palavra preeminente é mais usada no sentido moral enquanto proeminente é mais no sentido físico (aspecto) mas não estranhe se encontrar textos onde “proeminente” toma o sentido de notável; distinto; superior.


Referências

Preeminente advém do latim praeeminente.
Proeminente advém do latim proeminens.