As duas formas – seita e ceita – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Presumo que a dúvida é referente ao grupo de seguidores de uma crença. Nesse caso é escrito com a consoante “s” sei-. No entanto, é conveniente referir que “ceita” também existe.

Seita significa doutrina religiosa ou ideológica que se afasta de outra; conjunto de crentes de uma doutrina que diverge da geral; grupo de pessoas que seguem determinados princípios ou doutrinas.

Angola tem cerca de 1.200 seitas religiosas ilegais.
O Subud não é uma religião nem uma seita, é um movimento espiritual.

Diz-se também de grupo organizado, bando, fação ou partido.

É uma organização que começa a assumir contornos de seita política.

Ceita é referente ao tributo antigo que se pagava para isentar a prestação de serviço militar em Ceuta.

Na altura, quem não pagava a ceita ia para Ceuta combater.


Referências

Seita advém do latim secta.
Ceita advém do árabe Cebda.