A forma correta de escrita é superatleta de acordo com a Língua Portuguesa e foi introduzido pelo Acordo Ortográfico.

Ou seja, é escrito sem hífen.

Superatleta significa atleta que possui capacidade(s) acima da média; atleta bastante dotado ou grandioso.

Um dia ainda será um superatleta.
É impressionante ver aqui todos estes jovens superatletas.

Segundo o AO 1990:

Nas formações com prefixos (como, por exemplo: ante-, anti-, circum-, co-, contra-, entre-, extra-, hiper-, infra-, intra-, pós-, pré-, pró-, sobre-, sub-, super-, supra-, ultra-,) , só se emprega o hífen nos seguintes casos:

a) segundo elemento começa pela letra h
b) quando prefixo ou pseudoprefixo termina na mesma vogal com que se inicia o segundo elemento
c) com os prefixos hiper-, inter- e super-, quando combinados com elementos iniciados por r

Outros exemplos com prefixo super-

supermulher
supervilão
super-homem
super-herói
super-realista

Super-atleta não está gramaticalmente correto na Língua Portuguesa.