As duas formas agrafar e grafar estão corretas, contudo seus significados são diferentes.
Ou seja, ambas as palavras são válidas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.
Agrafar significa prender com agrafo; grampear; com grampo.
Temos de agrafar os anexos ao documento principal.
Esta máquina serve para agrafar blocos.
Grafar significa dar forma, por escrito, a (uma palavra); ortografar; escrever.
Como grafar 12 por extenso? Doze.
A partir de agora passa a grafar a palavra Norte com letra minúscula.
Referências
Agrafar advém da construção agrafe + ar.
Grafar advém da construção grafo + ar.