As duas formas comesse e come-se existem na Língua Portuguesa.
Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo comer mas empregues em diferentes pessoas gramaticais/tempos verbais; com distintas pronúncias.
Comesse é a primeira e terceira pessoa do singular do pretérito imperfeito do modo subjuntivo do verbo.
se eu [ comesse ], se ele; ela; você [ comesse ]
Se eu comesse tanto pão, estaria 5 quilos mais gorda.
Tentei que ele comesse as bolachas da Nina, mas não deu.
Obs:
subjuntivo (português brasileiro) ou conjuntivo (português europeu) = modo verbal que não expressa certeza, e sim uma dúvida, desejo ou situações hipotéticas
A forma come-se, com hífen, é uma conjugação pronominal (acompanhado do pronome oblíquo “se”) do verbo – neste caso, no presente do indicativo. O pronome é usado para indicar ações relativas ao sujeito que as pratica, no caso ele, ela ou você.
Aqui, come-se o que há.
Neste restaurante come-se muito bem por um preço excelente.