As duas formas há apenas e à apenas estão corretas, contudo seus significados são diferentes.
Ou seja, ambas as expressões são válidas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.
Há apenas é equivalente a dizer que existe apenas (verbo haver no sentido de existência) – toma habitualmente o sentido de que existe somente, só, exclusivamente.
Há apenas uma explicação.
Penso que há apenas uma boa solução para isso.
Não há guerra civil em Darfur: há apenas assassinos e vítimas.
A construção à apenas é utilizada quando fazemos menção a + «a apenas»; quando tal acontece somos a escrever com a crase à = a + a. Expressa habitualmente o sentido de não mais que, tão-somente ou somente.
É frequente utilizar esta locução adverbial em frases que indicam tempo:
Brenda, foi à apenas 2 dias.
Foi fundada à apenas seis semanas.
Ela afirma que tudo isto aconteceu à apenas uma semana atrás.
Contudo, pode ser utilizada de outra forma:
Você tem direito à apenas um chocolate
A presença deles tem sido restrita à apenas algumas missões de reconhecimento.