A forma correta de escrita é incomoda de acordo com a Língua Portuguesa.
Ou seja, é escrito com a vogal “i” formando a sílaba in-.
Incomoda é a terceira pessoa do singular do presente do indicativo e a segunda pessoa do singular do imperativo do verbo incomodar.
ele; ela; você [ incomoda ], incomoda [ tu ]
Por que ele incomoda você?
Conheço-te o suficiente para saber quando algo te incomoda.
presente do indicativo
| eu | incomodo |
| tu | incomodas |
| ele; ela; você | incomoda |
| nós | incomodamos |
| vós | incomodais |
| eles; elas; vocês | incomodam |
Obs:
verbo incomodar = causar incómodo a; importunar; molestar
presente do indicativo = referente ao presente, que está ocorrendo no momento ou que não depende de um tempo específico
Encomoda não está correto na Língua Portuguesa.
Referências
Advém do verbo incomodar.