A forma correta de escrita é incomoda de acordo com a Língua Portuguesa.

Ou seja, é escrito com a vogal “i” formando a sílaba in-.

Incomoda é a terceira pessoa do singular do presente do indicativo e a segunda pessoa do singular do imperativo do verbo incomodar.

ele; ela; você [ incomoda ], incomoda [ tu ]

Por que ele incomoda você?
Conheço-te o suficiente para saber quando algo te incomoda.

presente do indicativo

euincomodo
tuincomodas
ele; ela; vocêincomoda
nósincomodamos
vósincomodais
eles; elas; vocêsincomodam

Obs:
verbo incomodar = causar incómodo a; importunar; molestar
presente do indicativo = referente ao presente, que está ocorrendo no momento ou que não depende de um tempo específico

Encomoda não está correto na Língua Portuguesa.


Referências

Advém do verbo incomodar.