As duas formas – intercessão e interseção – existem na Língua Portuguesa.
Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.
Intercessão significa é o ato ou efeito de interceder – significa colocar-se no lugar de outro e pleitear a sua causa; intervenção.
Sua intercessão tinha um objetivo concreto.
A cura milagrosa foi atribuída à intercessão do Servo de Deus.
Interseção (ou intersecção) significa o ponto onde duas linhas, planos ou sólidos se encontram; ponto onde duas ruas se cruzam.
Na próxima interseção vira à esquerda.
Desenhe linhas de corte de cada canto até à interseção.
Diz-se também da operação com conjuntos que produz um conjunto com todos os elementos comuns a dois outros conjuntos.
Referências
Intercessão advém do latim intercessione.
Interseção advém do latim intersectio.