As duas formas – intercessão e interseção – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Intercessão significa é o ato ou efeito de interceder – significa colocar-se no lugar de outro e pleitear a sua causa; intervenção.

Sua intercessão tinha um objetivo concreto.
A cura milagrosa foi atribuída à intercessão do Servo de Deus.

Interseção (ou intersecção) significa o ponto onde duas linhas, planos ou sólidos se encontram; ponto onde duas ruas se cruzam.

Na próxima interseção vira à esquerda.
Desenhe linhas de corte de cada canto até à interseção.

Diz-se também da operação com conjuntos que produz um conjunto com todos os elementos comuns a dois outros conjuntos.


Referências

Intercessão advém do latim intercessione.
Interseção advém do latim intersectio.