As duas formas marcaste e marcas-te existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo marcar mas empregues em diferentes modos e com distintas pronúncias.

Marcaste é a segunda pessoa do singular do pretérito perfeito do modo indicativo do verbo.

tu [ marcaste ]

Já marcaste o teu voo para Boston?
Foste tu que marcaste esta reunião, certo?
Cada vez que te passei a bola tu marcaste.

Obs:
pretérito perfeito = referente ao passado
verbo marcar = pôr uma marca ou sinal; fazer um gol ou ponto; determinar data e hora para um encontro ou evento; indicar, definir

A forma marcas-te é uma conjugação pronominal (acompanhado do pronome oblíquo “te”) do verbo – neste caso, no presente do indicativo. O pronome é usado para indicar ações relativas ao sujeito que as pratica ( tu ).

Significa que marcas a ti próprio ou de/para ti próprio.

É uma flexão pouco usada mas válida.

Com um ferro quente, tu marcas-te para sempre.
Marcas-te com tatuagens que não fazem sentido.