As duas formas – mereceram e merecerão – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo merecer, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes tempos gramaticais.

Mereceram é a terceira pessoa do plural do pretérito perfeito do indicativo e a terceira pessoa do plural do pretérito mais-que-perfeito do indicativo do verbo.

eles; elas; vocês [ mereceram ]

« relativo a uma situação passada ou concluída »

Eu acredito que eles mereceram a liberdade.
Eles foram melhores do que nós, mereceram ganhar.

Obs:
pretérito perfeito = referente ao passado
pretérito mais-que-perfeito = referente ao passado do passado

Merecerão é a terceira pessoa do plural do futuro do indicativo do verbo.

eles; elas; vocês [ merecerão ]

« relativo a uma situação/possibilidade futura ou uma incerteza »

Não merecerão habitar a Terra Renovada.
Se isso aconteceu é porque eles merecerão ganhar.