A forma correta de escrita é micro-ondas de acordo com a Língua Portuguesa.
Ou seja, é escrito com hífen.
Micro-ondas significa ondas eletromagnéticas com comprimentos de onda maiores que os dos raios infravermelhos; diz-se do forno de micro-ondas.
Aqueça os vegetais no micro-ondas por 5 minutos.
A radiação cósmica de fundo em micro-ondas é atualmente o melhor observável cosmológico.
Obs: palavras compostas começadas por micro- levam habitualmente hífen excepto quanto a 2ª palavra se inicia pela letra h ou pela mesma vogal
Exemplos na prática:
micro-organismo
microanálise
microprocessador
Microondas não está gramaticalmente correto na Língua Portuguesa.
Referências
Advém da construção micro + ondas.