As duas formas – seca e ceca – existem na Língua Portuguesa.
Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.
Presumo que a dúvida é referente ao período sem chuva. Nesse caso é escrito com a consoante “s” se-. No entanto, é conveniente referir que “ceca” também existe.
Seca significa ação ou resultado de secar; período sem chuva; estiagem. Como adjetivo é o feminino de seco.
A seca é um fenómeno causado pela insuficiência de precipitação pluviométrica.
A nascente do rio está seca.
Pode ter o sentido popular de pessoa maçante, importuna.
As conversas dele são uma seca.
Ceca significa lugar indefinido, distante e é unicamente utilizado nas seguintes expressões (locuções):
de ceca em meca, por ceca e meca, correr ceca e meca :: por vários lugares, terras e regiões; por vários lugares à procura de algo; andar por muitas terras
Referências
Seca advém do verbo secar.
Ceca advém do árabe hispânico sekka.