As duas formas separá-lo e separa-lo estão corretas, contudo seus significados são diferentes.
Ou seja, ambas as palavras estão corretas e são formas verbais do verbo separar com o pronome oblíquo átono “o” que assume a forma lo depois do verbo quando este termina em “r, s ou z” (ao mesmo tempo que a terminação verbal é suprimida) mas empregues em diferentes tempos verbais.
Separá-lo, com acento agudo na vogal “a”, é referente ao infinitivo do verbo.
o separar = [ separá-lo ]
Nada deve ser capaz de separá-lo da sua fé.
Não queremos separá-lo dos seus amigos.
O alvo deles é você, querem separá-lo do partido.
Obs:
infinitivo: transmite ideia de uma ação ou estado, porém sem vinculá-la a um tempo, modo ou pessoa específica
vogal a: implica acento agudo
Separa-lo, sem acento gráfico, é referente à segunda pessoa do singular do indicativo do verbo.
tu o separas = [ separa-lo ]
É uma flexão menos usada mas válida.
Tu separa-lo daqui.
Eis o bolo, agora separa-lo em partes iguais.