As duas formas siso e ciso existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Siso, escrito com a consoante inicial “s”, significa bom senso, juízo e prudência. Em termos de anatomia significa cada um dos últimos dentes molares.

Aquela mente não tem siso, só faz asneiras.
Na dentição humana, os dentes do siso são os últimos a romper.

Ciso, escrito com a consoante inicial “c”, é uma conjugação do verbo cisar.

eu [ ciso ]

Obs:
verbo cisar = aparar, cortar
dentes do siso – em alguns lugares do Brasil, especialmente na Região Nordeste, ainda se usa a denominação dente queiro.