As duas formas – substituíram e substituirão – existem na Língua Portuguesa.
Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo substituir, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes tempos gramaticais.
Substituíram é a terceira pessoa do plural do pretérito perfeito do indicativo e a terceira pessoa do plural do pretérito mais-que-perfeito do indicativo do verbo.
eles; elas; vocês [ substituíram ]
« relativo a uma situação passada ou concluída »
Já a substituíram, despediram-na!
Nos campos, as máquinas substituíram o Homem.
Obs:
pretérito perfeito = referente ao passado
pretérito mais-que-perfeito = referente ao passado do passado
Substituirão é a terceira pessoa do plural do futuro do indicativo do verbo.
eles; elas; vocês [ substituirão ]
« relativo a uma situação/possibilidade futura ou uma incerteza »
Estes novos produtos substituirão nossos produtos antigos no próximo ano.
Só uma revolução garantirá que novos rostos substituirão quem foi corrompido pelo poder.