As duas formas – subtraiu e subtraio – existem na Língua Portuguesa.
Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo subtrairr mas empregues em diferentes modos.
Subtraiu é a terceira pessoa do singular do pretérito perfeito do indicativo do verbo.
ele; ela; você [ subtraiu ]
O contabilista subtraiu aquele valor ao total.
O suspeito subtraiu um total de 90 USD a ambas as vítimas.
Obs:
pretérito perfeito = referente ao passado
Subtraio é a primeira pessoa do singular do presente do indicativo do verbo.
eu [ subtraio ]
Acrescento um número aqui, subtraio outro ali.
Eu subtraio o quanto comi de besteira e faço o restante de refeições menos calóricas.
Obs:
presente do indicativo = referente ao presente, que está ocorrendo no momento ou que não depende de um tempo específico