As duas formas – afundaram e afundarão – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo afundar, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes tempos gramaticais.

Afundaram é a terceira pessoa do plural do pretérito perfeito do indicativo e a terceira pessoa do plural do pretérito mais-que-perfeito do indicativo do verbo.

eles; elas; vocês [ afundaram ]

« relativo a uma situação passada ou concluída »

Como resultado, 12 barcos foram danificados e 10 afundaram.
Eles destruíram todas as casas e afundaram os barcos.

Obs:
pretérito perfeito = referente ao passado
pretérito mais-que-perfeito = referente ao passado do passado

Afundarão é a terceira pessoa do plural do futuro do indicativo do verbo.

eles; elas; vocês [ afundarão ]

« relativo a uma situação/possibilidade futura ou uma incerteza »

Se voltarmos, afundarão o bote, estou dizendo!
Nossos navios dispararão e afundarão barcos inimigos se estes chegarem muito perto.