As duas formas comandaram e comandarão existem na Língua Portuguesa.
Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo comandar, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes tempos gramaticais.
Comandaram é a terceira pessoa do plural do pretérito perfeito do indicativo e a terceira pessoa do plural do pretérito mais-que-perfeito do indicativo do verbo.
eles; elas; vocês [ comandaram ]
« relativo a uma situação passada ou concluída »
Ambos comandaram a expansão da empresa até os anos 1980.
Algumas lideranças, que comandaram as retomadas das terras de suas comunidades, foram assassinados.
Obs:
pretérito perfeito = referente ao passado
pretérito mais-que-perfeito = referente ao passado do passado
Comandarão é a terceira pessoa do plural do futuro do indicativo do verbo.
eles; elas; vocês [ comandarão ]
« relativo a uma situação/possibilidade futura ou uma incerteza »
Todos vocês, em algum dia comandarão seus próprios navios.
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