As duas formas – confundiram e confundirão – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo confundir, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes tempos gramaticais.

Confundiram é a terceira pessoa do plural do pretérito perfeito do indicativo e a terceira pessoa do plural do pretérito mais-que-perfeito do indicativo do verbo.

eles; elas; vocês [ confundiram ]

« relativo a uma situação passada ou concluída »

Ontem, confundiram peixe com carne.
Já vi coisas que me confundiram muito.

Obs:
pretérito perfeito = referente ao passado
pretérito mais-que-perfeito = referente ao passado do passado

Confundirão é a terceira pessoa do plural do futuro do indicativo do verbo.

eles; elas; vocês [ confundirão ]

« relativo a uma situação/possibilidade futura ou uma incerteza »

A partir de agora, seus destinos se confundirão.
Se houver uma emboscada eles confundirão você comigo.