As duas formas decerto e deserto estão corretas, contudo seus significados são diferentes.

Ou seja, ambas as palavras são válidas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Decerto significa com certeza; certamente, de forma segura; funciona também com interjeição no sentido irônico ao exprimir dúvida ou a certeza do contrário daquilo que se afirma.

Eu pergunto-lhe, mas decerto recusará.
Não te preocupes, decerto compreenderão.
Pois, pois, decerto que sim! :: claro que não (ironia)

Obs
não confundir decerto com “de certo” (têm sentidos diferentes)

Deserto significa desabitado, despovoado, solitário; região árida e despovoada.

O país está deserto e a anarquia prevalece.
Foram encontrados perdidos e moribundos no deserto.


Referências

São palavras parónimas: semelhantes tanto na escrita e na pronúncia mas com significado diferente.

Decerto advém da construção de + certo.
Deserto advém do latim desertu.