As duas formas mexilhão e mexelhão estão corretas, contudo seus significados são diferentes.

Ou seja, ambas as palavras são válidas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Mexilhão, escrito com a vogal “i”, é o nome comum aos moluscos bivalves da família dos mitilídeos e unilídeos, que se fixam às rochas e que geralmente são comestíveis.

Está a usar as suas pinças como martelo para abrir o mexilhão.
Este mexilhão geralmente habita a parte superior da zona sublitoral.

Mexelhão, escrito com a vogal “e”, significa indivíduo, que mexe muito nos objetos; buliçoso; traquinas, travesso.

Krishna, seu filho é muito mexelhão.
Ele se torna hiperativo e mexelhão quando cresce.


Referências

Mexilhão advém do latim muscellio.
Mexelhão advém do verbo mexer.