As duas formas prolongasse e prolonga-se existem na Língua Portuguesa.
Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo prolongar mas empregues em diferentes pessoas gramaticais/tempos verbais; com distintas pronúncias.
Prolongasse é a primeira e terceira pessoa do singular do pretérito imperfeito do modo subjuntivo do verbo.
se eu [ prolongasse ], se ele; ela; você [ prolongasse ]
Se a corrida se prolongasse mais uma semana, estarias à frente.
Gostaria que prolongasse a sua estadia até a investigação estar concluída.
Obs:
subjuntivo (português brasileiro) ou conjuntivo (português europeu) = modo verbal que não expressa certeza, e sim uma dúvida, desejo ou situações hipotéticas
A forma prolonga-se, com hífen, é uma conjugação pronominal (acompanhado do pronome oblíquo “se”) do verbo – neste caso, no presente do indicativo. O pronome é usado para indicar ações relativas ao sujeito que as pratica, no caso ele, ela ou você.
Normalmente, o ensaio prolonga-se por 28 dias.
A sala comum, voltada a sul, prolonga-se para o terraço.