A forma correta de escrita é seja de acordo com a Língua Portuguesa.

Ou seja, é escrito sem a vogal “i”.

Seja é uma interjeição que designa consentimento ou resignação. É também formas verbais do verbo ser.

Assim seja.
Seja bem-vindo.
Que seja um resultado positivo.

Esta questão também se estende ao erro comum de escrever “seje”; forma igualmente incorreta.

Seija não existe na Língua Portuguesa.

A dúvida deriva da pronúncia ou entoação que por vezes é dada “induzindo” a vogal “i” formando -eij- mas é escrito como referido; seja.