As duas formas deferido e indeferido estão corretas, contudo seus significados são diferentes; são palavras antônimas.
Ou seja, ambas as palavras são válidas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.
Deferido significa concedido, atendido, despachado favoravelmente.
O pedido de prorrogação foi deferido na totalidade.
Graças à insistência dos seus esforços, o pedido foi finalmente deferido.
Indeferido significa que não teve despacho, ou que teve despacho contrário ao que se requereu; é o antônimo de deferido.
O processo foi indeferido porque o prazo de prescrição havia expirado.
Referências
Deferido é o particípio do verbo deferir.